预赛阶段（1986年5月15－30日）：
成都赛区：１.四川金沙队(晋级) ２.云南平坡队 ３.昆明队 ４.贵州队 ５.西藏队
西安赛区：１.陕西烽火队(晋级) ２.火车头队 ３.青海队 ４.宁夏队 ５.甘肃队 ６.新疆队
济南－淄博赛区：１.山东泰山队(晋级) ２.上海队(晋级) ３.福建队 ４.安徽队 ５.青岛队 ６.南京部队
天津赛区：１.天津队(晋级) ２.天津东亚队(晋级) ３.北京部队(晋级) ４.八一队 ５.河北队 ６.内蒙古队
延吉赛区：１.大连队(晋级) ２.吉林队(晋级) ３.沈阳部队 ４.辽宁派丽队（辽宁二队） ５.大连二队 ６.沈阳队
洛阳赛区：１.河南平原队(晋级) ２.广东一队(晋级) ３.广东二队(晋级) ４.湖北队(晋级) ５.广西队 ６.湖南队
决赛阶段（1986年9月1－15日 南京）：
第三届足协杯决赛阶段于1986年9月1－15日在南京举行，由预选赛杀出的13支队伍连同第一、二届的冠军辽宁队、北京队及东道主江苏队共16支队伍参赛。由于天津队、吉林队出访由原赛区的八一、辽宁二队递补参赛。另外大连由于参加辽宁省运会，派出以二队选手为主的球员参赛。决赛阶段预赛分四个小组进行单循环比赛，各组前2名进入8强淘汰赛，最终决出1-8名。
小组赛成绩表：
|
A组 |
北京 |
陕西 |
河 南 |
江 苏 |
积分 |
净胜球 |
名次 |
|
北京 |
- |
0:1 |
2:1
杨朝晖
魏克兴 |
2:0
高洪波
郑小田 |
4 |
2 |
1 |
|
陕西 |
1:0
王宝山 |
- |
0:4 |
9:8
(1:1)
(1:1)
辛长青 |
4 |
-3 |
2 |
|
河 南 |
1:2
李耀宗 |
4:0 |
- |
0:1 |
2 |
2 |
3 |
|
江 苏 |
0:2 |
8:9
(1:1)
(1:1)
李 义 |
1:0
李 义 |
- |
2 |
-1 |
4 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
B组 |
广东 |
广东二队 |
大连 |
四川 |
积分 |
净胜球 |
名次 |
|
广东 |
- |
1:0
李朝阳 |
2:0
谢志雄
李朝阳 |
2:0
吴育华
陈海贤 |
6 |
5 |
1 |
|
广东二队 |
0:1 |
- |
0:2 |
5:0
何锦伦
伍文兵2
余伟腾2 |
2 |
2 |
2 |
|
大连 |
0:2 |
2:0
赵 岩
胡振波 |
- |
0:1 |
2 |
-1 |
3 |
|
四川 |
0:2 |
0:5 |
1:0
王承江 |
- |
2 |
-6 |
4 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
C组 |
天津东亚 |
山东 |
上海 |
辽宁二队 |
积分 |
净胜球 |
名次 |
|
天津东亚 |
- |
1:4
(0:0)
(0:0) |
3:1
张维克
赵子强
张福良 |
2:0
赵子强
沈洪全 |
4 |
4 |
1 |
|
山东 |
4:1
(0:0)
(0:0) |
- |
0:1 |
3:0 |
4 |
2 |
2 |
|
上海 |
1:3
鲁妙生 |
1:0
李龙海 |
- |
3:1
李中华
鲁妙生P+G |
4 |
1 |
3 |
|
辽宁二队 |
0:2 |
0:3 |
1:3
王 昶 |
- |
0 |
-7 |
4 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
D组 |
辽宁 |
北京部队 |
八一 |
湖北 |
积分 |
净胜球 |
名次 |
|
辽宁 |
- |
1:0
王学龙 |
4:0
黄 崇2
李华筠
傅 博 |
4:0
王学龙
孙 伟
李华筠
黄 崇 |
6 |
9 |
1 |
|
北京部队 |
0:1 |
- |
2:1
(1:1)
李洪武
刘承德 |
4:0
刘承德2
黄启能
徐树刚 |
4 |
3 |
2 |
|
八一 |
0:4 |
1:2
(1:1)
李 勇 |
- |
3:2
(2:2)
李 勇
陈方平P
周绪平 |
2 |
-4 |
3 |
|
湖北 |
0:4 |
0:4 |
2:3
(2:2)
刘五一
黄正国 |
- |
0 |
-8 |
4 |
1/4决赛：
广东队 5：3 山东队 （90分钟 0：0，加时赛
1：1）（王东宁P；黄德保）
北京队 1：0 北京部队队（魏克兴）
广东二队 6：4 天津东亚队（90分钟 1：1，经过加时赛）（谢育新；张宝庆）
（点球：[广东]余伟腾、林 刚、杨宇峰、李汝欣、谢育新）
辽宁队 3：0 陕西队 （李华筠）
半决赛：
北京队 6：5 广东一队 （90分钟 1：1，经过加时赛）（魏克兴；谢志雄）
辽宁一队 1：0 广东二队 （黄崇）
5-8名附加赛：
山东队 4：1 北京部队队（王东宁、矫春本、刘乐阳、国作金；徐树刚）
天津东亚队4：2 陕西队 （90分钟 1：1，经过加时赛）（王兴华；辛长青）
决 赛：
1－2名： 辽宁一队 1：0 北京队 （李华筠）
3－4名： 广东一队 1：0 广东二队 （吴育华）
5－6名： 山东队 3：0 天津东亚队 （杨为健2、国作金）
7－8名： 北京部队队 3：0 陕西队
前八名名次：
1.辽宁（东药）队 2.北京（雪花）队 3.广东（万宝）一队
4.广东（万宝）二队
5.山东泰山队 6.天津东亚队
7.北京部队队 8.陕西烽火队
最佳阵容：（4-3-3）
守门员：傅玉斌（辽宁）
后 卫：钟小健（广东）、赵发庆（辽宁）、黄军伟（广东）、王文宗（北京）
前 卫：矫春本（山东）、王 军（辽宁）、魏克兴（北京）
前 锋：李华筠（辽宁）、杨朝晖（北京）、黄崇（辽宁）
射手榜：
4球：李华筠（辽宁）、黄 崇（辽宁）
3球：鲁妙生（上海）、魏克兴（北京）、李朝阳（广东）、刘承德（北京部队）
决赛阶段的成绩来自K.Dalglish，原文注：本文资料主要参考自：《足球》报、《球迷》报等报刊 |
