第一轮：
第一回合：
9月16日，星期四
文茨皮尔斯(拉托维亚) 1-1 KS阿米卡-弗隆齐(波兰)
特雷克格罗兹尼(俄罗斯) 1-1 FC巴塞尔(瑞士)
马卡比海法(以色列) 1-0 第涅伯尔-第涅伯罗彼得罗夫斯克(乌克兰)
维斯瓦克拉科夫(波兰) 4-3 第比利斯迪纳摩(格鲁吉亚)
FC泽尼特圣彼得堡(俄罗斯) 4-0 贝尔格莱德红星(塞尔维亚和黑山)
沙尔克04(德国) 5-1 FHK里耶帕亚梅塔勒格斯(拉托维亚)
列夫斯基索非亚(保加利亚) 1-1 KSK贝维伦-瓦斯(比利时)
诺瓦戈里察(斯洛文尼亚) 1-1 AEK雅典(希腊)
奥尔堡BK(丹麦) 1-1 AJ欧塞尔(法国)
格拉茨AK(奥地利) 5-0 PFC利特克斯洛维奇(保加利亚)
梅塔卢尔顿涅茨克(乌克兰) 0-3 拉齐奥(意大利)
奥德-格伦兰德(挪威) 0-1 费耶诺德(荷兰)
布加勒斯特星(罗马尼亚) 2-1 索非亚中央陆军(保加利亚)
特拉布宗体育(土耳其) 3-2 毕尔巴鄂运动(西班牙)
雅典埃加莱奥(希腊) 1-0 根齐勒尔伯里吉(土耳其)
FC乌得勒支(荷兰) 4-0 尤戈登IF(瑞典)
帕尼奥尼奥斯NFC(希腊) 3-1 乌迪内斯(意大利)
FK贝尔格莱德游击队(塞尔维亚和黑山) 3-1 布加勒斯特迪纳摩(罗马尼亚)
谢尔伯恩FC(爱尔兰) 2-2 里尔OSC(法国)
迪纳摩萨格勒布(克罗地亚) 2-0 IF埃尔夫斯堡(瑞典)
哈马尔比IF(瑞典) 1-2 比利亚雷亚尔CF(西班牙)
班斯卡比斯特里卡(斯洛伐克) 0-3 SL本菲卡(葡萄牙)
布鲁日俱乐部KV(比利时) 4-0 沙托鲁(法国)
索肖(法国) 4-0 斯塔贝克IF(挪威)
列日斯坦达德(比利时) 0-0 VfL波鸿(德国)
维佩斯特TE(匈牙利) 1-3 VfB斯图加特(德国)
奥地利维也纳(奥地利) 1-0 华沙莱吉亚(波兰)
哈茨(苏格兰) 3-1 布拉加运动(葡萄牙)
米尔沃尔(英格兰) 1-1 费伦克瓦罗斯TC(匈牙利)
纽卡斯尔联(英格兰) 2-0 布内萨赫宁(以色列)
帕尔马(意大利) 3-2 NK马里博尔(斯洛文尼亚)
博多/格里姆特(挪威) 1-1 贝西克塔什(土耳其)
CS马里蒂莫(葡萄牙) 1-0 流浪者(苏格兰)
米德尔斯伯勒(英格兰) 3-0 巴尼克俄斯特拉发(捷克共和国)
PAOK萨洛尼卡(希腊) 2-3 AZ阿尔克马尔(荷兰)
塞维利亚(西班牙) 2-0 CF国民(葡萄牙)
皇家萨拉戈萨(西班牙) 1-0 SK希格马奥洛莫茨(捷克共和国)
哈夫纳尔弗约杜尔(冰岛) 1-5 阿利曼尼亚亚琛(德国)
里斯本斯波廷(葡萄牙) 2-0 维也纳快速(奥地利)
9月22日，星期三
马卡比佩塔赫蒂克瓦(以色列) - SC海伦芬(荷兰)

第二回合：
9月30日，星期四
KS阿米卡-弗隆齐(波兰) 1-0 文茨皮尔斯(拉托维亚)
(总比分2-1)
FC巴塞尔(瑞士) 2-0 特雷克格罗兹尼(俄罗斯)
(总比分3-1)
第涅伯尔-第涅伯罗彼得罗夫斯克(乌克兰) 2-0 马卡比海法(以色列)
(总比分2-1)
第比利斯迪纳摩(格鲁吉亚) 2-1 维斯瓦克拉科夫(波兰)
(总比分5-5，第比利斯迪纳摩客场进球多胜)
贝尔格莱德红星(塞尔维亚和黑山) 1-2 FC泽尼特圣彼得堡(俄罗斯)
(总比分1-6)
FHK里耶帕亚梅塔勒格斯(拉托维亚) 0-4 沙尔克04(德国)
(总比分1-9)
KSK贝维伦-瓦斯(比利时) 1-0 列夫斯基索非亚(保加利亚)
(总比分2-1)
AEK雅典(希腊) 1-0 诺瓦戈里察(斯洛文尼亚)
(总比分2-1)
AJ欧塞尔(法国) 2-0 奥尔堡BK(丹麦)
(总比分3-1)
PFC利特克斯洛维奇(保加利亚) 1-0 格拉茨AK(奥地利)
(总比分1-5)
拉齐奥(意大利) 3-0 梅塔卢尔顿涅茨克(乌克兰)
(总比分6-0)
费耶诺德(荷兰) 4-1 奥德-格伦兰德(挪威)
(总比分5-1)
索非亚中央陆军(保加利亚) 2-2 布加勒斯特星(罗马尼亚)
(总比分3-4)
毕尔巴鄂运动(西班牙) 2-0 特拉布宗体育(土耳其)
(总比分4-3)
根齐勒尔伯里吉(土耳其) 1-1 雅典埃加莱奥(希腊)
(总比分1-2)
尤戈登IF(瑞典) 3-0 FC乌得勒支(荷兰)
(总比分3-4)
乌迪内斯(意大利) 1-0 帕尼奥尼奥斯NFC(希腊)
(总比分2-3)
布加勒斯特迪纳摩(罗马尼亚) 0-0 FK贝尔格莱德游击队(塞尔维亚和黑山)
(总比分1-3)
里尔OSC(法国) 2-0 谢尔伯恩FC(爱尔兰)
(总比分4-2)
IF埃尔夫斯堡(瑞典) 0-0 迪纳摩萨格勒布(克罗地亚)
(总比分0-2)
比利亚雷亚尔CF(西班牙) 3-0 哈马尔比IF(瑞典)
(总比分5-1)
SL本菲卡(葡萄牙) 2-0 班斯卡比斯特里卡(斯洛伐克)
(总比分5-0)
沙托鲁(法国) 1-2 布鲁日俱乐部KV(比利时)
(总比分1-6)
斯塔贝克IF(挪威) 0-5 索肖(法国)
(总比分0-9)
VfL波鸿(德国) 1-1 列日斯坦达德(比利时)
(总比分1-1，列日斯坦达德客场进球胜)
VfB斯图加特(德国) 4-0 维佩斯特TE(匈牙利)
(总比分7-1)
华沙莱吉亚(波兰) 1-3 奥地利维也纳(奥地利)
(总比分1-4)
布拉加运动(葡萄牙) 2-2 哈茨(苏格兰)
(总比分3-5)
费伦克瓦罗斯TC(匈牙利) 3-1 米尔沃尔(英格兰)
(总比分4-2)
布内萨赫宁(以色列) 1-5 纽卡斯尔联(英格兰)
(总比分1-7)
NK马里博尔(斯洛文尼亚) 0-0 帕尔马(意大利)
(总比分2-3)
贝西克塔什(土耳其) 1-0 博多/格里姆特(挪威)
(总比分2-1)
流浪者(苏格兰) 1-0 CS马里蒂莫(葡萄牙)
(经过加时赛，总比分1-1，流浪者互射点球4-2胜)
巴尼克俄斯特拉发(捷克共和国) 1-1 米德尔斯伯勒(英格兰)
(总比分1-4)
AZ阿尔克马尔(荷兰) 2-1 PAOK萨洛尼卡(希腊)
(总比分5-3)
CF国民(葡萄牙) 1-2 塞维利亚(西班牙)
(总比分1-4)
SK希格马奥洛莫茨(捷克共和国) 2-3 皇家萨拉戈萨(西班牙)
(总比分2-4)
阿利曼尼亚亚琛(德国) 0-0 哈夫纳尔弗约杜尔(冰岛)
(总比分5-1)
维也纳快速(奥地利) 0-0 里斯本斯波廷(葡萄牙)
(总比分0-2)
SC海伦芬(荷兰) 5-0 马卡比佩塔赫蒂克瓦(以色列)
(马卡比佩塔赫蒂克瓦队主场对SC海伦芬队的第一回合比赛原定于9月22日进行，但因以色列国内罢工而取消。双方比赛以第二回合比赛一场定胜负，不采用客场进球规则)

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