获得前八名队伍进入第二阶段淘汰赛；排在榜尾的队伍综合去年战绩，四支降级。
里西夫竞技，葡萄牙人，格雷米奥和国际因为去年战绩不错，逃过降级；
而伽马，帕拉纳，青年和圣保罗波塔佛戈四队，则惨遭降级。

以下是1999年巴甲第一阶段比赛最终积分排名榜：

名次    队名               比赛     胜   平    负    进球     失球     积分

1.        科林西安          21      14    2     5      49       31       44
2.        克鲁塞罗          21      12    6     3      46       32       42
3.        瓦斯科            21      10    6     5      33       23       36
4.        黑桥              21      10    5     6      23       16       35
5.        圣保罗            21      11    1     9      35       24       34
6.        维托里亚          21      10    4     7      31       33       34
7.        MG竞技            21      10    3     8      39       30       33
8.        伽拉尼            21      10    3     8      31       22       33
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9.        PR竞技            21       9    4     8      36       31       31
10.      帕尔美拉斯         21       8    7     6      36       23       31
11.      桑托斯             21       8    6     7      25       26       30
12.      佛拉门戈           21       9    2    10      30       33       29
13.      科里提巴           21       7    8     6      31       29       29
14.      RJ波塔佛戈         21       8    2    11      23       37       26
15.      伽马               21       7    5     9      24       29       26
16.      国际               21       7    3    11      18       26       24
17.      帕拉纳             21       6    6     9      23       29       24
18.      格雷米奥           21       6    4    11      24       43       22
19.      青年               21       5    7     9      18       32       22
20.      SP波塔佛戈         21       5    6    10      27       38       21
21.      葡萄牙人           21       4    6    11      27       31       18
22.      里西夫竞技         21       3    8    10      14       25       17